### R code from vignette source 'methyAnalysis.Rnw'

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### code chunk number 1: init
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options(width=50)


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### code chunk number 2: load library and example data
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library(methyAnalysis)
## load the example data
data(exampleMethyGenoSet)

## show MethyGenoSet class
slotNames(exampleMethyGenoSet)
# showClass('MethyGenoSet')

## get chromosome location information
head(locData(exampleMethyGenoSet))

## retrieve methylation data
dim(exprs(exampleMethyGenoSet))

## Sample information
pData(exampleMethyGenoSet)


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### code chunk number 3: Slide-window smoothing of the DNA methylation data
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methyGenoSet.sm <- smoothMethyData(exampleMethyGenoSet, winSize = 250)

## winsize is kept as an attribute
attr(methyGenoSet.sm, 'windowSize')


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### code chunk number 4: Differential methylation test
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## get sample type information
sampleType <- pData(exampleMethyGenoSet)$SampleType

## Do differential test
allResult <- detectDMR.slideWin(exampleMethyGenoSet, sampleType=sampleType)
head(allResult)


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### code chunk number 5: Identifying DMR
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## Identify the DMR (Differentially Methylated Region) by setting proper parameters.
## Here we just use default ones
allDMRInfo = identifySigDMR(allResult)
names(allDMRInfo)


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### code chunk number 6: Identifying DMR
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## Annotate significant DMR info
DMRInfo.ann <- annotateDMRInfo(allDMRInfo, 'TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene')

## output the DMR information
export.DMRInfo(DMRInfo.ann, savePrefix='testExample')


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### code chunk number 7: Export data for external tools (eval = FALSE)
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## ## output in IGV supported "gct" file
## export.methyGenoSet(exampleMethyGenoSet, file.format='gct', savePrefix='test')
## ## output in BigWig files
## export.methyGenoSet(exampleMethyGenoSet, file.format='bw', savePrefix='test')


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### code chunk number 8: heatmap
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heatmapByChromosome(exampleMethyGenoSet, gene='6493',  genomicFeature='TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene', includeGeneBody=TRUE, newPlot=FALSE)


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### code chunk number 9: heatmap_phenotype
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plotMethylationHeatmapByGene('6493', methyGenoSet=exampleMethyGenoSet, includeGeneBody=TRUE,
    phenotype=pData(exampleMethyGenoSet), genomicFeature='TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene', 
    newPlot=FALSE)


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### code chunk number 10: methyAnalysis.Rnw:209-210
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toLatex(sessionInfo())


