Il Progetto GNU è stato lanciato nel Settembre 1983 da Richard M. Stallman, con lo scopo di creare un sistema operativo completo basato su Software Libero. Il lavoro di sviluppo è iniziato nel gennaio seguente.
Nell'ottobre 1985 Stallman ha anche fondato la "Free Software Foundation", per affronatare gli aspetti giuridici e organizzativi del Progetto GNU e anche per diffondere l'uso e la conoscenza del Software Libero. Le licenze principali usate dal Progetto GNU sono la GNU General Public License (GPL) e la GNU Lesser General Public License (LGPL, originariamente chiamata GNU Library Public License). Negli anni, esse si sono affermate come le licenze più usate per il Software Libero.
Il Progetto GNU consiste di molti piccoli sottoprogetti, curati da volontari, aziende, o combinazioni dei due. Questi sottoprogetti sono chiamati essi stessi "Progetti GNU" o "Pacchetti GNU".
Il nome del Progetto GNU è derivato dall'acronimo ricorsivo "GNU's Not Unix". Unix era un sistema operativo molto popolare negli anni '80, quindi Stallman progettò GNU in modo da essere il più possibile compatibile con Unix, in modo da facilitare la migrazione da un sistema all'altro. Il nome scelto riconosce che GNU si ispira a Unix per quanto riguarda la sua architettura, ma mette in chiaro che i due sistemi sono diversi: a differenza di Unix, GNU è Software Libero.
Poiché si ispira a Unix, il sistema GNU è modulare, quindi è possibile inserirvi componenti sviluppati da terzi. Al giorno d'oggi è molto frequente l'uso del sistema GNU con il kernel Linux, e molte persone chiamano "Linux" queste varianti di GNU, dimenticandosi del progetto GNU e del suo scopo, la libertà del software. La FSFE raccomanda di usare il termine "GNU/Linux" o "GNU+Linux" per indicare questi sistemi.
Per maggiori informazioni, si veda il sito web del progetto GNU su www.gnu.org.