GNU-Projektet startades i september 1983 av amerikanen Richard M. Stallman för att skapa ett komplett UNIX-liknande operativsystem baserat på Fri Programvara. Januari påföljande år påbörjades arbetet.
Stallman startade "Free Software Foundation" 1995 för att hantera de juridiska och organisatoriska aspekterna av GNU-projektet och för att sprida användandet av och kännedom om Fri Programvara. Genom Free Software Foundation har GNU General Public License och GNU Lesser General Public License (från början kallad GNU Library Public License) formulerats och genom åren etablerats som de mest använda licenserna för Fri Programvara.
GNU-Projektet består av mindre delprojekt som styrs av frivilliga och företag oftast med målet att underhålla en funktionell komponent. Dessa delprojekt själva kallas "GNU projekt" eller "officiella GNU projekt"
Namnet GNU-Projektet kommer från den rekursiva förkortningen "GNU's Not Unix." Eftersom UNIX från början inte bara var en sorts system utan mer en produkt. Detta skulle symbolisera att GNU-Projektet hade som mål att skapa ett system som var kompatibelt med men inte identiskt med UNIX.
GNU-systemet är (som alla andra UNIX-system) modulärt och idag är framför allt GNU-systemet med Linuxkärnan - det så kallade GNU/Linux-systemet - vida spritt och använt och utgör basen för varje så kallad "Linux-Distribution."