In 2001 startte het Directoraat-Generaal voor mededinging van de Europese Commissie, onder leiding van prof. Monti, een onderzoek naar de dominante marktpositie van Microsoft in desktop besturingssystemen. De Free Software Foundation Europa werd door de Commissie uitgenodigd de standpunten van de Vrije Software beweging te verdedigen. Ook in 2004 beantwoordde de FSFE de oproep om de vrije concurrentie en de vrije keuze te helpen beschermen tegen misbruiken.
Door hun jarenlange, uitgebreide ervaring op gebied van software, besloot de FSFE bij te dragen aan het onderzoek van het DG voor mededinging. Dat Vrije Software, en GNU/Linux in het bijzonder, door Microsoft zelf als grootste concurrent wordt genoemd, is een extra reden om onze belangen te verdedigen. In een brief aan het DG voor mededinging, op 16 november 2001, vroeg de FSFE dan ook om gehoord te worden.
Het verzoek werd aanvaard waardoor belangrijke leden en advocaten van de FSFE toegang kregen tot vertrouwelijke informatie. Zo kregen ze de kans de vooruitgang van het onderzoek op te volgen, en te becommentariƫren.
In augustus 2003, vroeg de FSFE aan de commissie om te luisteren naar de voorstellen van het SAMBA-team om concurrentie in de file- en printerservermarkt te herstellen. Het document, ondertekend door Jeremy Allison, projectleider van het Vrije Software project SAMBA, werd zeer goed ontvangen. Tijdens de hoorzitting achter gesloten deuren, in november 2003, stelden Peter Gerwinski en Jeremy Allison de voorstellen van de FSF Europa en het SAMBA-team officieel voor aan de commissie.
In zijn besluiten hield het DG voor mededinging rekening met de meeste opmerkingen van de FSFE om de vrije software te beschermen (al is het geen perfecte oplossing).
In juni 2004 tekende Microsoft verzet aan tegen die opmerkingen. Aangezien de FSFE bang is dat de achterdeurtjes van het besluit misbruikt gaan worden door de advocaten van Microsoft, blijven ze het aangetekend verzet op de voet volgen.
Het besluit van het DG voor mededinging bevat enkele dubbelzinnige opmerkingen, de meeste zijn het gevolg van een onduidelijk en/of verkeerd gebruik van de term "Intellectuele Eigendom". De veelzijdige betekenis van dit begrip maakt niet duidelijk of Microsoft delen van de broncode moet vrijgeven, dan wel de protocollen en interfaces die ze ontwikkelden moeten bekend maken of zelfs enkele waardevolle "fabrieksgeheimen" moeten prijsgeven. Een nog groter probleem is de toestemming in de besluiten om "RAND" (redelijke en niet discriminerende) licenties te gebruiken. Deze licenties, hoe goedkoop ook, sluiten Vrije Software uit aangezien ze de vrije verdeling beperken (en de software dus niet-vrij maken).
Wat de FSFE uiteindelijk vraagt, is niet meer dan dat Microsoft de informatie beschikbaar stelt die nodig is om met haar systemen te communiceren. Of het nu om de Mediaspeler of de Directory Services gaat. Hiervoor hoeft Microsoft helemaal geen broncode vrij te geven of zelfs geen "fabrieksgeheimen" te onthullen, deze zijn al bekend (de protocollen en interfaces zijn ontrafeld door reverse ingeneering) maar vrij moeilijk te gebruiken. Het is zeer belangrijk dat het DG voor mededinging de markt zeer goed in het oog houdt en vermijdt dat softwarepatenten in Europa gelegaliseerd worden, zodat Vrije Software implementaties van de interfaces altijd mogelijk blijven.