###################################################
### chunk number 1: setup1 eval=FALSE
###################################################
## #line 18 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## library("cellHTS2")


###################################################
### chunk number 2: setup2 eval=FALSE
###################################################
## #line 23 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## ## working path:
## workPath <- getwd()
## 
## ## check if bib file exists
## if (!("cellhts.bib" %in% dir()) )
##   system(sprintf("cp %s/cellhts.bib .", system.file("doc", package="cellHTS2")))
## 
## ## for debugging:
## options(error=recover)
## ## for software development, when we do not want to install 
## ## the package after each minor change:
## ##   for(f in dir("~/huber/projects/Rpacks/cellHTS2/R", full.names=TRUE, pattern=".R$"))source(f)


###################################################
### chunk number 3: dataPath eval=FALSE
###################################################
## #line 39 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## experimentName <- "KcViab"
## dataPath <- system.file(experimentName, package="cellHTS2") 


###################################################
### chunk number 4: dirDataPath eval=FALSE
###################################################
## #line 45 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## dataPath
## rev(dir(dataPath))[1:12]


###################################################
### chunk number 5: readPlateList eval=FALSE
###################################################
## #line 51 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## x <- readPlateList("Platelist.txt", 
##                    name=experimentName, 
##                    path=dataPath)


###################################################
### chunk number 6: showX eval=FALSE
###################################################
## #line 58 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## x


###################################################
### chunk number 7: plateFileTable eval=FALSE
###################################################
## #line 63 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## cellHTS2:::tableOutput(file.path(dataPath, "Platelist.txt"), "plate list")
## cellHTS2:::tableOutput(file.path(dataPath, names(intensityFiles(x))[1]), 
##                        "signal intensity", header=FALSE)


###################################################
### chunk number 8: see object state eval=FALSE
###################################################
## #line 70 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## state(x)


###################################################
### chunk number 9: writeReport1Show eval=FALSE
###################################################
## #line 75 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## ## out <- writeReport(raw=x)


###################################################
### chunk number 10: writeReport1Do eval=FALSE
###################################################
## #line 80 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## out <- writeReport(raw=x, force=TRUE, outdir=tempdir())


###################################################
### chunk number 11: printout eval=FALSE
###################################################
## #line 85 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## out


###################################################
### chunk number 12: browseReport1 eval=FALSE
###################################################
## #line 90 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## browseURL(out)


###################################################
### chunk number 13: annotatePlateRes eval=FALSE
###################################################
## #line 96 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## x <- configure(x,
##                descripFile="Description.txt", 
##                confFile="Plateconf.txt", 
##                logFile="Screenlog.txt", 
##                path=dataPath)


###################################################
### chunk number 14: plateConfscreenLogTable eval=FALSE
###################################################
## #line 106 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## cellHTS2:::tableOutputWithHeaderRows(file.path(dataPath, "Plateconf.txt"), 
##                                      "plate configuration", selRows=NULL)
## cellHTS2:::tableOutput(file.path(dataPath, "Screenlog.txt"), 
##                        "screen log", selRows=1:3)


###################################################
### chunk number 15: test eval=FALSE
###################################################
## #line 114 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## table(wellAnno(x))


###################################################
### chunk number 16: configurationplot eval=FALSE
###################################################
## #line 119 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## png("cellhts2Complete-configurationplot.png", width=324, height=324)
## configurationAsScreenPlot(x)
## dev.off()


###################################################
### chunk number 17: configurationplotShow eval=FALSE
###################################################
## #line 126 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## ## configurationAsScreenPlot(x)


###################################################
### chunk number 18: normalizePlateMedian eval=FALSE
###################################################
## #line 131 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## xn <- normalizePlates(x, 
##                       scale="multiplicative", 
##                       log=FALSE, 
##                       method="median", 
##                       varianceAdjust="none")


###################################################
### chunk number 19: compare cellHTs objects eval=FALSE
###################################################
## #line 140 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## compare2cellHTS(x, xn)


###################################################
### chunk number 20: score replicates eval=FALSE
###################################################
## #line 145 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## xsc <- scoreReplicates(xn, sign="-", method="zscore") 


###################################################
### chunk number 21: summarize replicates eval=FALSE
###################################################
## #line 150 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## xsc <- summarizeReplicates(xsc, summary="mean") 


###################################################
### chunk number 22: boxplotzscore eval=FALSE
###################################################
## #line 155 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## scores <- Data(xsc)
## ylim <- quantile(scores, c(0.001, 0.999), na.rm=TRUE)
## boxplot(scores ~ wellAnno(x), col="lightblue", outline=FALSE, ylim=ylim)


###################################################
### chunk number 23: callvalues eval=FALSE
###################################################
## #line 162 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## y <- scores2calls(xsc, z0=1.5, lambda=2)
## png("cellhts2Complete-callvalues.png")
## plot(Data(xsc), Data(y), col="blue", pch=".",
##      xlab="z-scores", ylab="calls", 
##      main=expression(1/(1+e^{-lambda *(z-z[0])})))
## dev.off()


###################################################
### chunk number 24: callvaluesShow eval=FALSE
###################################################
## #line 172 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## ## y <- scores2calls(xsc, z0=1.5, lambda=2)
## ## plot(Data(xsc), Data(y), col="blue", pch=".",
## ##      xlab="z-scores", ylab="calls", 
## ##      main=expression(1/(1+e^{-lambda *(z-z[0])})))


###################################################
### chunk number 25: geneIDs eval=FALSE
###################################################
## #line 180 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## xsc <- annotate(xsc, geneIDFile="GeneIDs_Dm_HFA_1.1.txt", path=dataPath)


###################################################
### chunk number 26: geneIDsTable eval=FALSE
###################################################
## #line 185 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## cellHTS2:::tableOutput(file.path(dataPath, "GeneIDs_Dm_HFA_1.1.txt"), 
##                        "gene ID", selRows = 3:6)


###################################################
### chunk number 27: bdgpbiomart1 eval=FALSE
###################################################
## #line 191 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## data("bdgpbiomart")
## fData(xsc) <- bdgpbiomart
## fvarMetadata(xsc)[names(bdgpbiomart), "labelDescription"] <- 
##   sapply(names(bdgpbiomart), 
##     function(i) sub("_", " ", i) 
## )


###################################################
### chunk number 28: get path for Rnw files eval=FALSE
###################################################
## #line 201 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## rnwPath <- system.file("doc/Rnw", package="cellHTS2")
## setwd(rnwPath)
## system(sprintf("cp biomart.tex %s", workPath))
## setwd(workPath)


###################################################
### chunk number 29: runBiomart eval=FALSE
###################################################
## #line 209 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## ## setwd(rnwPath)
## ## Sweave("biomart.Rnw")
## ## setwd(workPath)
## ## stop()


###################################################
### chunk number 30: printxagain eval=FALSE
###################################################
## #line 217 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## xsc


###################################################
### chunk number 31: savex eval=FALSE
###################################################
## #line 222 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## save(xsc, file=paste(experimentName, ".rda", sep=""))


###################################################
### chunk number 32: writeReport2 eval=FALSE
###################################################
## #line 227 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## setSettings(list(plateList=list(reproducibility=list(include=TRUE, map=TRUE), 
##                                 intensities=list(include=TRUE, map=TRUE)),
##                  screenSummary=list(scores=list(range=c(-4, 8), map=TRUE))))
## out <- writeReport(raw=x, normalized=xn, scored=xsc, force=TRUE)


###################################################
### chunk number 33: browseReport2 eval=FALSE
###################################################
## #line 235 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## ## browseURL(out)


###################################################
### chunk number 34: imageScreen eval=FALSE
###################################################
## #line 240 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## ## imageScreen(xsc, ar=1, zrange=c(-3,4))


###################################################
### chunk number 35: exportData eval=FALSE
###################################################
## #line 245 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## ## writeTab(xsc, file="Scores.txt")


###################################################
### chunk number 36: exportOtherData eval=FALSE
###################################################
## #line 250 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## ## # determine the ratio between each well and the plate median
## ## y <- array(as.numeric(NA), dim=dim(Data(x)))
## ## nrWell <- prod(pdim(x))
## ## nrPlate <- max(plate(x))
## ## for(p in 1:nrPlate) 
## ## {
## ##     j <- (1:nrWell)+nrWell*(p-1)
## ##     samples <- wellAnno(x)[j]=="sample"
## ##     y[j, , ] <- apply(Data(x)[j, , , drop=FALSE], 2:3, 
## ##                       function(w) w/median(w[samples], na.rm=TRUE)) 
## ## }
## ## 
## ## y <- signif(y, 3)
## ## out <- y[,,1]
## ## out <- cbind(fData(xsc), out)
## ## names(out) = c(names(fData(xsc)), 
## ## sprintf("Well/Median_r%d_ch%d", rep(1:dim(y)[2], dim(y)[3]), 
## ## rep(1:dim(y)[3], each=dim(y)[2])))
## ## write.tabdel(out, file="WellMedianRatio.txt")


###################################################
### chunk number 37: category eval=FALSE
###################################################
## #line 273 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## library("Category")


###################################################
### chunk number 38: obsolete GO ids eval=FALSE
###################################################
## #line 278 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## obsolete <- c("GO:0005489", "GO:0015997", "GO:0045034", "GO:0005660")


###################################################
### chunk number 39: cat1 eval=FALSE
###################################################
## #line 283 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## scores <- as.vector(Data(xsc))
## names(scores) <- geneAnno(xsc)
## sel <- !is.na(scores) & (!is.na(fData(xsc)$go))
## goids <- strsplit(fData(xsc)$go[sel], ", ")
## goids <- lapply(goids, function(x) x[!(x %in% obsolete)])
## genes <- rep(geneAnno(xsc)[sel], listLen(goids))
## cache(categs <- cateGOry(genes, unlist(goids, use.names=FALSE)))


###################################################
### chunk number 40: cat2 eval=FALSE
###################################################
## #line 294 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## nrMem <- rowSums(categs) # number of genes per category
## remGO <- which(nrMem < 3 | nrMem > 1000)
## categs <- categs[-remGO,,drop=FALSE]
## # see if there are genes that don't belong to any category after applying the filter
## nrMem <- rowSums(t(categs))
## rem <- which(nrMem==0)
## if(length(rem)!=0) categs <- categs[,-rem, drop=FALSE]


###################################################
### chunk number 41: cat3 eval=FALSE
###################################################
## #line 305 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## stats <- scores[ sel & (names(scores) %in% colnames(categs)) ]


###################################################
### chunk number 42: handle replicates eval=FALSE
###################################################
## #line 310 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## ## handle duplicated genes in stats:
## isDup <- duplicated(names(stats))
## table(isDup)
## dupNames <- names(stats)[isDup]
## sp <- stats[names(stats) %in% dupNames]
## sp <- split(sp, names(sp))
## table(sapply(sp, length)) 
## aux <- stats[!isDup]
## aux[names(sp)] <- sapply(sp, max)
## stats <- aux
## rm(aux)


###################################################
### chunk number 43: arrange probes eval=FALSE
###################################################
## #line 325 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## m <- match(colnames(categs), names(stats))
## stats <- stats[m]
## stopifnot(colnames(categs)==names(stats))


###################################################
### chunk number 44: cat6 eval=FALSE
###################################################
## #line 332 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## acMean <- applyByCategory(stats, categs)
## acTtest <- applyByCategory(stats, categs, FUN=function(v) t.test(v, stats)$p.value)
## acNum <- applyByCategory(stats, categs, FUN=length)
## isEnriched <- (acTtest<=1e-3) & (acMean>0.5)


###################################################
### chunk number 45: volcano eval=FALSE
###################################################
## #line 340 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## png("cellhts2Complete-volcano.png", width=180, height=180)
## par(mai=c(0.9,0.9,0.1,0.1))
## px <- cbind(acMean, -log10(acTtest))
## plot(px, main='', xlab=expression(z[mean]), 
##      ylab=expression(-log[10]~p), pch=".", col="black")
## points(px[isEnriched, ], pch=16, col="red", cex=0.7)
## dev.off()
## stopifnot(identical(names(acMean), names(acTtest)),  
##           identical(names(acMean), names(acNum))) 


###################################################
### chunk number 46: enrichedGoCateg eval=FALSE
###################################################
## #line 353 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## enrichedGOCateg <- names(which(isEnriched))
## require("GO.db")
## res <- data.frame(
##    "$n$" = acNum[isEnriched], 
##     "$z_{\\mbox{\\scriptsize mean}}$" = signif(acMean[isEnriched],2), 
##     "$p$" = signif(acTtest[isEnriched],2),
##     "GOID" = I(enrichedGOCateg),
##     "Ontology" = I(sapply(enrichedGOCateg, function(x) Ontology(get(x, GOTERM)))),
##     "description" = I(sapply(enrichedGOCateg, function(x) Term(get(x, GOTERM)))),
##     check.names=FALSE)
## 
## mt <- match(res$Ontology, c("CC", "BP", "MF"))
## stopifnot(!any(is.na(mt)))
## res <- res[order(mt, res$"$p$"), ]
## 
## cellHTS2:::dataframeOutput(res, header=TRUE, 
##   caption=sprintf("Top %d Gene Ontology categories with respect to $z$-score.", nrow(res)),
##   label="enrichedGoCateg", gotable=TRUE)


###################################################
### chunk number 47: load file with previous analysis eval=FALSE
###################################################
## #line 375 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## data2003 <- read.table(file.path(dataPath, "Analysis2003.txt"), header=TRUE, 
##                        as.is=TRUE, sep="\t")


###################################################
### chunk number 48: add the current scored values eval=FALSE
###################################################
## #line 381 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## i <- data2003$Position + 384*(data2003$Plate-1)
## data2003$ourScore <- as.vector(Data(xsc))[i]


###################################################
### chunk number 49: scoresComparison eval=FALSE
###################################################
## #line 387 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## png("cellhts2Complete-scoresComparison.png", width=324, height=324)
## par(mfrow=c(7,9), mai=c(0,0,0,0))
## for(i in 1:max(data2003$Plate)) 
## {
##    sel <- (data2003$Plate==i)
##    plot(data2003$ourScore[sel], data2003$Score[sel], pch=19, cex=0.6)
## }
## dev.off()


###################################################
### chunk number 50: example for description file eval=FALSE
###################################################
## #line 399 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## out <- templateDescriptionFile("template-Description.txt", force=TRUE)
## out
## readLines(out)


###################################################
### chunk number 51: old plateConfscreenLogTable eval=FALSE
###################################################
## #line 406 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## cellHTS2:::tableOutput(file.path(dataPath, "old-Plateconf.txt"), 
##                        "cellHTS package-specific plate configuration", selRows=1:28)
## cellHTS2:::tableOutput(file.path(dataPath, "old-Screenlog.txt"), 
##                        "cellHTS package-specific screen log", selRows=1:3)


###################################################
### chunk number 52: Z score method eval=FALSE
###################################################
## #line 414 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## ## xZ <- normalizePlates(x, scale="additive", log=FALSE,
## ##                       method="median", varianceAdjust="byPlate") 


###################################################
### chunk number 53: transfplots eval=FALSE
###################################################
## #line 420 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## library("vsn")
## png("cellhts2Complete-transfplots.png", width=324, height=474)
## par(mfcol=c(3,2))
## myPlots=function(z,...) 
## {
##   hist(z[,1], 100, col="lightblue", xlab="",...)
##   meanSdPlot(z, ylim=c(0, quantile(abs(z[,2]-z[,1]), 0.95, na.rm=TRUE)), ...)
##   qqnorm(z[,1], pch='.', ...)
##   qqline(z[,1], col='blue')
## }
## dv <- Data(xn)[,,1]
## myPlots(dv, main="untransformed")
## xlog <- normalizePlates(x, scale="multiplicative", log=TRUE, 
##                         method="median", varianceAdjust="byExperiment")
## dvlog <- Data(xlog)[,,1]
## myPlots(dvlog, main="log2")
## dev.off()


###################################################
### chunk number 54: transfplotsShow eval=FALSE
###################################################
## #line 441 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## ## library("vsn")
## ## par(mfcol=c(3,2))
## ## myPlots=function(z,...) 
## ## {
## ##     hist(z[,1], 100, col="lightblue", xlab="",...)
## ##     meanSdPlot(z, ylim=c(0, quantile(abs(z[,2]-z[,1]), 0.95, na.rm=TRUE)), ...)
## ##     qqnorm(z[,1], pch='.', ...)
## ##     qqline(z[,1], col='blue')
## ## }
## ## dv <- Data(xn)[,,1]
## ## myPlots(dv, main="untransformed")
## ## xlog <- normalizePlates(x, scale="multiplicative", log=TRUE, 
## ##                         method="median", varianceAdjust="byExperiment")
## ## dvlog <- Data(xlog)[,,1]
## ## myPlots(dvlog, main="log2")


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### chunk number 55: sessionInfo eval=FALSE
###################################################
## #line 460 "/private/tmp/RtmpnnNPb3/R.INSTALL4802d3ce/cellHTS2/inst/doc/cellhts2Complete.Rnw"
## toLatex(sessionInfo())


